در جریان تعرض قوای روس به آذربایجان و گیلان «به بهانه مخالفت شوستر مستشار مالی آمریکایی» و قتل و اسارت و حبس استقلال طلبان و مدافعان ایرانی (30ـ 1329هـ . ق) و هم زمان با اعدام عبدالعزیز شریعتمداری تالش، یوسف خان جوبنهای، صالحخان مژدهی، کاظم علی روستا در رشدت و مقارن انجمن ایالتی گیلان و حبس و تبعید اعضاء انجمن و جمعی دیگر به قفقاز کوچکخان به فرمان اجنبی از اقامت در زادگاه خود محروم و به تهران رفت و مقیم شد مجدداً به تکمیل تحصیل پرداخت.
سه سال بعد، جنگ بینالملل اول در گرفت و به سال (1333 ه ق) روسها از شمال و انگلیسی ها از جنوب، با قوای انبوه به ایران تاختند و بیطرفی اعلام شده کشور را نقض کردند.
کوچک خان با گروه استقلال طلبان و مدافعان که در هر طبقه از بالا و پائین یافت میشدند هم داستان شده بدواً با سالار فاتح معروف به دیوسالار به کجور رفت که در آن ناحیه پایگاهی دفاعی به وجود آورند. چون جریان را مساعد نیافت از دیو سالار جدا شد و به رشت رفت و از رشت پس از ملاقات پنهانی با بعضی یاران موافق به (خراط محله) تولم حرکت کرده و در جنگل آن ناحیه نهضت جنگل را پایه گذاری کرد. از آن تاریخ تا سال 1338 ه ق (1298 ش) مدام با قوای روسیه تزاری و پس از آن با قوای انکلیسی که بعد از انقلاب روسیه در پناه لشکریان ژنرال پیچیرا خوف روسی خود را به گیلان و از گیلان به باکو رسانده بودند در حالت جنگ دفاعی و تعرضی بود. در عین حال به احداث راههای ارتباطی و تشکیل دبستانها در نقاط مختلف فومنات و تأسیس مدرسه نظام در گوراب زرمخ و ایجاد کارگاههای پارچهبافی برای تأمین نیازمندیهای سرابازان و اموری از این قبیل اشتغال داشت.
به سال 1338 که قوای بولشویک به کمک کشتی های جنگی بندر انزلی را زیر آتش گرفت و قوای انگلیسی مقیم انزلی و رشت مهمات خود را به جا گذاشته و بدون کمترین مقاومت عقب نشینی کرده و شهر را به مهمانان ناخوانده سپردند میرزا کوچک خان با تازه واردان که مدعی یاری ملل استعمار زده بودند از در سازش درآمد. پیش از آن که بولشویکان بر اوضاع و احوال مستولی شوند زمام کار را در گیلان به دست گرفت و مرکز کار خود را به رشت منتقل کرد.
سازش و همکاری مزبور بر اثر برخورد عقاید سیاسی و نظرات فلسفی و پارهای وسوسههای چندان نپایید. جناح افراطی با اقدام به کودتایی به نام (کودتای سرخ) حکومت را به دست گرفت و کوچک خان و طرفداران عقیده وی به جنگل فومن واپس کشیدند و متعاقب آن برخوردهای مسلحانهای بین وی و جناح سرخ پیش آمد که گاهگاه با پادرمیانی مصلحان از حدت ظاهری آن کاسته میشد.
به سال 1340 هـ ق 1299 شمسی بعد از ایجاد روابط دوستانه بین دولت های ایران و شوروی و شناسایی حکومت شوروی از جانب دولت وقت ایران عوامل انقلاب سرخ و همدستان ایرانی آن مانند احسان الله خان و دیگران مناطق اشغالی خود را تخلیه و در حمایت شورویان به قفقاز عقب کشیدند و زمینه مذاکره بین دولت و کوچک خان فراهم شد که در خلال آن بر اثر بروز حوادثی که از اختیار هر دو طرف خارج بود سوء تفاهم و در نتیجه آن برخوردهایی صورت گرفت. میرزا کوچک خان که در این اوقات آمیرزا و جنگلی و سردار جنگل خوانده میشد در خانقاه شب هنگام دچار بوران زدگی برف و کولاک شد که پیکرش را در زیر انبوهی برف یافتند. با شهادت وی به روز دوشنبه یازدهم آذر 1300 هجری خورشیدی (سوم ربیع الثانی 1340 ق) نهضت جنگل به نقطه پایان خود رسید.
جسد کوچک خان در گیلوان با مراقبت احترام آمیز آقا سید نصرالله گیلوانی به خاک سپرده شد. در گیلوان جسد کوچک خان به دست افراد سالار شجاع برادر سردار مقتدر طالشی افتاد.
یکی از آنان سر وی را جدا کرد که به نشانه پایان روزگار او به تهران منتقل و به سردار سپه ارائه گردید. در نهایت سرش در گورستان حسنآباد تهران در نقطه نامعلومی دفن شد که بعداً از جانب یاران جنگلی محل دفن شناسایی شد چند سال پس از این واقعه که گورستان حسنآباد شبانه زیر و رو میشد تا مؤسسات آتشنشانی را در آنجا مستقر شود، سر کوچک خان به وسیله آزادیخواهان که در لباس کارگران شب درآمده بودند ربوده شد و به وسیلة میرزاخان سیگاری به رشت انتقال یافت و در اختیار کربلایی کاس آقا (حسام) معروف به خیاط که از وفاداران به آزادی بود، قرار گرفت که در جلسهای شبانه مورد شناسایی و تأیید یاران جنگلی حاضر قرار گرفت سپس در ایوان مرقد سلیمان داراب به امانت سپرده شد. به سال 1321 خورشیدی جسد کوچک خان بنا به وصیتی که کرده بود پس از تحصیل فتوا از مجتهدان زمان از گیلوان به رشت انتقال یافت و بر زیر تپهای مقابل بقعه سلیمان داراب به خاک سپرده شد بعداً بر آن بارگاهی ساخته شد.